Der Heilbronner Stadtarzt Johann Christoph Eysenmenger schrieb 1632 ein Buch über den Fleiner Leberbrunnen und rühmte seine Heilkraft. Der Rat der Stadt Heilbronn plante daraufhin die Errichtung eines Badehauses; der Krieg verhinderte jedoch die Ausführung. 

Zwei Jahre nach Erscheinen des Buchs verließen die Fleiner ihr Dorf, um hinter den Mauern der Stadt Heilbronn Schutz zu suchen.

Doktor Eysenmenger zählt in seinem Buch elf Fälle auf, in denen es bis zum Jahr 1629 nachweislich zu Heilungen durch das Leberbrunnenwasser gekommen war, und zwar teilweise durch Bäder in heißem oder kaltem Wasser, teilweise aber auch durch Trinkkuren. 

In den meisten Fällen wurde das Wasser äußerlich angewendet; Krankheitsbilder waren offene Stellen an den Schenkeln, Warzen, Entzündungen und ähnliches. Eysenmenger zählt insgesamt fast 30 Krankheitsbilder auf, in denen das Leberbrunnenwasser Heilung versprechen könnte, von Beschwerden der inneren Organe – Magen, Leber, Milz, Nieren, darunter etwa Durchfall, Gelbsucht, Verstopfung etc. – über Kreislaufschwäche und Krämpfe hin zu Lungenkrankheiten.

Nach der Schlacht bei Wimpfen 1622 verwüsteten die Soldaten des katholischen Heers unter dem Feldherrn Tilly die Gegend um Heilbronn. Auch Flein war betroffen: „Krieg und Räuberey von dem Bayerischen und Würzburgischen volck“ heißt es im Kirchenbuch.

Drei Jahre später gab es den ersten Pesttoten in Flein; 1626 starben 164 Fleiner an der Seuche, die sich im Gefolge des  Kriegs ausbreitete. 1631 nahm das Schwedische Heer Heilbronn und seine Dörfer in Besitz. Wenig später wurde die Stadt vom Heer des Kaisers zurückerobert. Seit Dezember 1634 lebte ein großer Teil der Fleiner in der Stadt. Erst 1648 kehrten die Bewohner dauerhaft nach Flein zurück.